El modo de juego principal de Mega Man Star Force 3 es muy similar a sus predecesores. The player controls Geo Stelar , a fifth-grade boy who is able to perform an electromagnetic wave change with his FM-ian partner Omega-Xis to transform into Mega Man, an entity able to traverse in both the real and wave worlds. El jugador controla Geo Stelar , un niño de quinto grado que es capaz de realizar una onda electromagnética cambie con su FM-ian socio Omega-X es para transformarse en Mega Man, una entidad capaz de recorrer en ambos mundos y la onda real. Field gameplay takes place on isometric maps where Geo can interact with his environment and other NPCs .Campo de juego tiene lugar en los mapas isométricos donde Geo pueden interactuar con su medio ambiente y otros NPCs . In his human form, he is only able to travel in the physical world, restricted to seeing the wave world through his Visualizer (a special type of eyeglasses). En su forma humana, que sólo es capaz de viajar en el mundo físico, limitado a ver la onda del mundo a través de su visualizador (un tipo especial de lentes). However, by transforming into Mega Man, he can traverse both the real world and wave world. Sin embargo, al transformarse en Mega Man, que pueden recorrer tanto el mundo real y la onda del mundo. Unlike the previous two games, the player can transform into Mega Man at any time they wish. A diferencia de los últimos dos juegos, el jugador puede transformarse en Mega Man, en cualquier momento que deseen.
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